1.  การวางระบบคอมพิวเตอร์ต้องใช้เวลามาก การที่หน่วยงานใดตัดสินใจนำคอมพิวเตอร์เข้ามาใช้งานนั้น ไม่ใช่ว่าจะนำเข้ามาใช้งานได้เลยทันที แต่ต้องมีการวางระบบงานกันเสียก่อน ว่าจะนำคอมพิวเตอร์เข้ามาช่วย ในการทำงานด้านใดบ้าง แล้วยังจะต้องมีการเขียนโปรแกรมคำสั่ง เพื่อสั่งให้คอมพิวเตอร์ ทำงานได้ตามที่ออกแบบไว้ ซึ่งขั้นตอนในการวางระบบงาน จำเป็นต้องใช้
      2. การรบกวนระบบงานปกติ เมื่อมีการนำคอมพิวเตอร์เข้ามาใช้ในหน่วยงาน ที่ไม่เคยใช้เครื่องคอมพิวเตอร์มาก่อน แน่นอนจะต้องมีการเปลี่ยนแปลงระบบงานเดิม ที่เคยเป็นอยู่ เช่นการเปลี่ยนแปลงวิธีการทำงาน หรือคุณสมบัติของพนักงาน โดยอาจมีการส่งพนักงานไปฝึกอบรมการใช้งานคอมพิวเตอร์ เป็นต้น การเปลี่ยนแปลงนี้ มีผลกระทบถึง จิตใจของพนักงาน และอาจสร้างความไม่พอใจ และความวุ่นวายหลายประการได้ ในระยะแรกๆ ที่ต้องมีการปรับตัวให้เข้ากับระบบงานใหม
         3. การทำงานขึ้นอยู่กับมนุษย์ คอมพิวเตอร์เป็นได้แค่เครื่องมือช่วยมนุษย์ ในการทำงาน ทั้งนี้เพราะเครื่องคอมพิวเตอร์ไม่มีความคิดเป็นของตัวเอง และทำงานเฉพาะที่ได้รับคำสั่งจากมนุษย์เท่านั้น ไม่ว่างานที่สั่งให้ทำจะถูกหรือผิด เครื่องคอมพิวเตอร์ไม่รู้จักคิดหรือรับปรุงวิธีการทำงานให้ดีขึ้น นับเป็นข้อจำกัดอย่างหนึ่งของเครื่องคอมพิวเตอร์